ปลาร้า เป็นหนึ่งในอาหารหมักดองที่มีส่วนผสมของปลา กับเกลือ และข้าวคั่ว หรือรำ หมักด้วยกันโดยใช้เวลาไม่เกิน 1 ปี ยิ่งหมักนาน เนื้อปลาก็ยิ่งเปื่อย และเมื่อเป็นการหมักที่ใช้เวลานาน ตัวปลา เครื่องปรุงรส และภาชนะที่ใช้หมักปลาจึงต้องสะอาด ปลาจะต้องทำความสะอาดด้วยน้ำมากกว่า 2 ครั้ง ปลาที่หมักต้องไม่มีเกล็ด และถูกควักไส้ควักพุงออกจนหมด รวมถึงครีบ และเงี่ยงแข็งๆ ด้วย หากเป็นปลาร้าที่ผู้ขายหมักเอง อาจจะใช้ผ้าขาวบางที่ใส่ปูนขาวอัดปิดเอาไว้ที่ปากถัง ไห หรือภาชนะที่ใช้ในการหมัก หรือจะเป็นผ้าขาวบางรัดปิดปากภาชนะแน่นๆ หลายๆ ชั้น เพื่อป้องกันไม่ให้แมลงวันเข้ามาไข่ข้างในได้ รวมไปถึงภาชนะที่ใช้ในการหมักต้องทำความสะอาด และตากให้แห้งสนิทอย่างดี ก่อนนำมาทำการหมักปลาร้า

ลักษณะของปลาร้าที่ดี คือ เนื้อ และลำตัวของปลาอ่อนนุ่ม ไม่แข็ง หรือเปื่อยยุ่ยจนเกินไป เนื้อปลาด้านในเป็นสีชมพูแดง หรือน้ำตาล มีกลิ่นหอมที่เกิดจากการหมัก แต่ไม่ใช่กลิ่นเหม็นเน่า เนื้อปลามีรสเค็ม ไม่ติดเปรี้ยว น้ำปลาร้าเป็นสีน้ำตาลอมดำ รสเค็มไม่ติดเปรี้ยว และสีของข้าวคั่ว หรือดำเปลี่ยนเป็นสีน้ำตาล ไม่เป็นสีดำคล้ำ นอกจากนี้ต้องสังเกตให้ดีว่าไม่มีไข่ของแมลงวัน หรือพยาธิ และสิ่งแปลกปลอมอื่นๆ นอกจากนี้ต้องไม่ใส่สี และวัตถุกันเสียอีกด้วย

สำหรับการปรุงปลาร้าให้สะอาด ปลอดภัยต่อสุขภาพ คือการนำมาปรุงผ่านความร้อนให้สุกทั่วกัน ไม่ว่าจะเป็นเนื้อปลาร้า หรือน้ำปลาร้า ก่อนที่จะนำไปเป็นส่วนผสมของอาหารเมนูต่างๆ เพื่อเป็นการฆ่าเชื้อโรคได้อีกครั้งหนึ่ง และไม่แนะนำให้ทานปลาร้ามากเกินไปในครั้งเดียว เพราะอาจทำให้เกิดอาการเสาะท้องได้